Le operazioni congiunte sono le attività più visibili fra quelle svolte dall’Agenzia. Frontex dispiega centinaia di guardie di frontiera e costiere, insieme a navi, veicoli, aerei e altre attrezzature per aiutare gli Stati membri a fronteggiare le sfide che si presentano alle frontiere esterne dell’UE. Queste operazioni si svolgono alle frontiere marittime e terrestri europee, nonché negli aeroporti internazionali. Attualmente Frontex si affida principalmente agli Stati membri dell’UE e ai paesi associati a Schengen per disporre degli agenti specializzati e delle attrezzature per le proprie operazioni, ma l’Agenzia si sta muovendo verso il leasing e l’acquisto delle proprie attrezzature. Frontex può inoltre contare su una riserva di almeno 1 500 agenti che possono essere dispiegati entro cinque giorni per far fronte alle emergenze alle frontiere europee.
Mentre le operazioni marittime dell’Agenzia che si svolgono nel Mediterraneo sostengono Italia, Grecia e Spagna nell’affrontare la pressione migratoria, tutte le operazioni dell’Agenzia contribuiscono altresì alla lotta contro varie forme di criminalità transfrontaliera. Le operazioni marittime comprendono attività aggiuntive, come il monitoraggio dell’inquinamento e della pesca illegale. Tali operazioni sono attuate con la collaborazione di altre agenzie dell’UE, in particolare Europol, l’Agenzia europea per la sicurezza marittima (EMSA) e l’Agenzia europea di controllo della pesca (EFCA).