De gemensamma insatserna är den del av byråns verksamhet som syns mest. Frontex stationerar ut hundratals gräns- och kustbevakningstjänstemän, tillsammans med båtar, bilar, flygplan och annan utrustning, för att bistå de EU-länder som brottas med utmaningar vid EU:s yttre gränser. Dessa insatser äger rum vid Europas havs- och landgränser samt på internationella flygplatser. I dagsläget förlitar Frontex sig i huvudsak på att EU-länderna och de Schengenassocierade länderna tillhandahåller specialiserade tjänstemän och utrustning till insatserna, men byrån kommer i framtiden att hyra och köpa sin egen utrustning. Frontex kan också räkna med en reserv på minst 1 500 tjänstemän som kan stationeras ut inom fem dagar för att ta itu med nödsituationer vid Europas gränser.
Byråns insatser i Medelhavet hjälper Italien, Grekland och Spanien att hantera migrationstrycket, men alla byråns insatser bidrar också till att bekämpa olika former av gränsöverskridande brottslighet. Insatserna till sjöss omfattar även andra uppgifter, såsom övervakning av föroreningar och olagligt fiske. De genomförs i samarbete med andra EU-byråer, framför allt Europol, Europeiska sjösäkerhetsbyrån (Emsa) samt Europeiska fiskerikontrollbyrån (EFCA).