Styrelsen godkänner budgeten och kontrollerar dess verkställande, utnämner verkställande och vice verkställande direktörer samt säkerställer öppenhet i byråns beslutsförfaranden. I egenskap av byråns rättsliga företrädare är verkställande direktören direkt ansvarig inför styrelsen.
Denna sammanträder fem gånger om året och består av företrädare för ansvariga vid gränsmyndigheter i de 26 EU-medlemsstater som ingår i Schengenområdet och två ledamöter från Europeiska kommissionen. Island, Liechtenstein, Norge och Schweiz, som inte är EU-medlemmar men Schengenassocierade länder, skickar också en företrädare till styrelsen. Dessa företrädare har dock begränsad rösträtt.
Företrädare för Storbritannien och Irland ges också möjlighet att delta vid styrelsemötena, men eftersom dessa länder valt (innan Frontex inrättades 2004) att bara delvis delta i Schengensamarbetet har de ingen rösträtt.