Upravni odbor potrjuje proračun in preverja njegovo izvrševanje, imenuje izvršnega direktorja in namestnika izvršnega direktorja ter zagotavlja preglednost postopkov sprejemanja odločitev agencije. Izvršni direktor je kot pravni zastopnik agencije za svoja dejanja odgovoren neposredno temu upravnemu organu.
Upravni odbor, ki se sestane petkrat na leto, sestavljajo predstavniki vodij mejnih organov v 26 državah članicah EU, ki jih zavezujejo določbe o schengenskem območju, in dva člana Evropske komisije. Islandija, Lihtenštajn, Norveška in Švica, ki niso države članice EU, so pa pridružene schengenske države, prav tako pošljejo predstavnike v upravni odbor, vendar imajo omejene glasovalne pravice.
Predstavnika Združenega kraljestva in Republike Irske sta prav tako vabljena, da sodelujeta na sestankih upravnega odbora, vendar pa zaradi svoje odločitve (pred ustanovitvijo agencije Frontex leta 2004) o delni udeležbi pri schengenskem sodelovanju nimata glasovalnih pravic.