V okviru dejavnosti agencije najbolj izstopajo skupne operacije. Agencija Frontex za pomoč državam članicam, ki se soočajo z izzivi na zunanjih mejah EU, napotuje na stotine pripadnikov mejne in obalne straže, skupaj s čolni, avtomobili, letali in drugo opremo. Te operacije potekajo na evropskih morskih in kopenskih mejah ter na mednarodnih letališčih. Trenutno se agencija Frontex pri napotitvah specializiranih uradnikov in opreme za operacije večinoma zanaša na države članice EU in pridružene schengenske države, kljub temu pa si prizadeva za zakup in nakup lastne opreme. Agencija Frontex ima na voljo tudi skupino vsaj 1 500 uradnikov, ki jih je mogoče napotiti v roku petih dni za ukrepanje ob izrednih razmerah na evropskih mejah.
Medtem ko pomorske operacije agencije v Sredozemlju zagotavljajo pomoč Italiji, Grčiji in Španiji pri obvladovanju migracijskega pritiska, pa vse dejavnosti agencije prispevajo tudi k zajezitvi različnih oblik čezmejnega kriminala. Operacije na morju vključujejo dodatne naloge, kot sta spremljanje onesnaževanja in nezakonitega ribolova. Te se izvajajo v sodelovanju z drugimi agencijami EU, zlasti Europolom, Evropsko agencijo za pomorsko varnost (EMSA) in Evropsko agencijo za nadzor ribištva (EFCA).