Consiliul de administrație aprobă bugetul și verifică execuția acestuia, numește directorul executiv și directorul adjunct și asigură transparența procedurilor decizionale ale agenției. În calitate de reprezentant legal al agenției, directorul executiv răspunde de faptele sale în mod direct înaintea organului de guvernanță care este Consiliul de administrație.
Consiliul de administrație, care se întrunește de cinci ori pe an, este alcătuit din reprezentanți ai șefilor autorităților de frontieră din cele 26 de state membre ale UE vizate de prevederile privind spațiul Schengen, precum și din alți doi membri din partea Comisiei Europene. Islanda, Liechtenstein, Norvegia și Elveția, care nu sunt state membre ale UE, dar sunt țări asociate spațiului Schengen, trimit de asemenea câte un reprezentant în Consiliul de administrație, însă au drept de vot limitat.
Reprezentanții Regatului Unit și ai Republicii Irlanda sunt de asemenea invitați să participe la reuniunile Consiliului de administrație, dar nu au drept de vot din cauza deciziei acestora (anterioară instituirii Frontex în 2004) de a participa doar parțial la cooperarea Schengen.