Zarząd zatwierdza budżet i sprawdza jego wykonanie, powołuje dyrektora wykonawczego i jego zastępców oraz zapewnia przejrzystość procedur decyzyjnych Agencji. Jest organem, przed którym odpowiada dyrektor wykonawczy Agencji jako jej przedstawiciel prawny.
Posiedzenia zarządu odbywają się pięć razy w roku, a w jego skład wchodzą przedstawiciele dyrektorów służb granicznych 26 państw członkowskich UE podlegającym przepisom strefy Schengen oraz dwóch członków Komisji Europejskiej. Islandia, Liechtenstein, Norwegia i Szwajcaria, które nie są państwami członkowskimi UE, ale mają status państw stowarzyszonych w ramach Schengen, także przysyłają przedstawiciela na posiedzenia zarządu, ale mają ograniczone prawa głosu.
Do udziału w posiedzeniach zarządu zaproszono także przedstawicieli Zjednoczonego Królestwa i Irlandii, ale nie przysługuje im prawo głosu, ponieważ przed ustanowieniem Frontexu w 2004 r. zdecydowały się jedynie na częściową współpracę w ramach Schengen.