De raad van bestuur keurt de begroting goed en verifieert de uitvoering ervan, benoemt de uitvoerend en plaatsvervangend uitvoerend directeur en waarborgt de transparantie van de besluitvormingsprocedures van het Agentschap. Als wettelijke vertegenwoordiger van het Agentschap moet de uitvoerend directeur voor zijn activiteiten rechtsreeks verantwoording afleggen aan dit bestuursorgaan.
De raad van bestuur, die vijfmaal per jaar bijeenkomt, bestaat uit vertegenwoordigers van de hoofden van de grensautoriteiten van de 26 EU-lidstaten die gehouden zijn tot naleving van de bepalingen van het Schengengebied, plus twee leden van de Europese Commissie. IJsland, Liechtenstein, Noorwegen en Zwitserland, die geen lid zijn van de EU, maar wel geassocieerde landen van het Schengengebied zijn, hebben eveneens een vertegenwoordiger in de raad van bestuur, maar met beperkt stemrecht.
Vertegenwoordigers van het Verenigd Koninkrijk en de Republiek Ierland worden tevens uitgenodigd om deel te nemen aan de vergaderingen van de raad van bestuur, maar zij hebben geen stemrecht als gevolg van hun besluit (vóór de oprichting van Frontex in 2004) om slechts gedeeltelijk deel te nemen aan de Schengensamenwerking.