Valde apstiprina budžetu un pārbauda tā izpildi, ieceļ izpilddirektoru un izpilddirektora vietnieku, kā arī nodrošina aģentūras lēmumu pieņemšanas procedūru pārredzamību. Izpilddirektors kā aģentūras juridiskais pārstāvis par savām darbībām tieši atskaitās minētajai pārvaldes struktūrai.
Valde, kas rīko sanāksmes piecas reizes gadā, sastāv no 26 ES dalībvalstu, kurām ir saistoši noteikumi par Šengenas zonu, robežu iestāžu vadītāju pārstāvjiem, kā arī diviem Eiropas Komisijas locekļiem. Arī Islandei, Lihtenšteinai, Norvēģijai un Šveicei, kas nav ES dalībvalstis, bet ir Šengenas asociētās valstis, ir pārstāvis valdē, bet tām ir ierobežotas balsstiesības.
Valdes sanāksmēs ir aicināti piedalīties arī Apvienotās Karalistes un Īrijas pārstāvji, bet šīm valstīm nav balsstiesību, jo tās ir pieņēmušas lēmumu (pirms Frontex nodibināšanas 2004. gadā) tikai daļēji iesaistīties Šengenas sadarbībā.