Bendros operacijos yra visuomenei geriausiai matoma agentūros veikla. Frontex dislokuoja šimtus pasienio ir pakrančių apsaugos pareigūnų, taip pat laivus, automobilius, lėktuvus ir kitą įrangą, kad padėtų valstybėms narėms įveikti sunkumus prie ES išorės sienų. Šios operacijos vykdomos prie Europos jūrų ir sausumos sienų, taip pat tarptautiniuose oro uostuose. Šiuo metu Frontex visų pirma pasikliauja ES valstybėmis narėmis ir Šengeno asocijuotosiomis šalimis, kurios Frontex operacijoms skiria specialistus ir įrangą, tačiau agentūra palaipsniui siekia pati nuomotis įrangą ir ją įsigyti. Frontex taip pat gali pasitelkti ne mažiau kaip 1 500 pareigūnų, kurie gali būti dislokuoti per penkias dienas Europos pasienyje ekstremaliųjų situacijų atveju.
Vykdydama operacijas Viduržemio jūroje agentūra padeda Italijai, Graikijai ir Ispanijai spręsti problemas, susijusias su migracijos spaudimu; ir apskritai visos agentūros operacijos padeda kovoti su įvairių formų tarpvalstybiniu nusikalstamumu. Jūrų operacijos apima papildomas užduotis, pavyzdžiui, taršos ir neteisėtos žvejybos stebėseną. Jos vykdomos bendradarbiaujant su kitomis ES agentūromis, visų pirma Europolu, Europos jūrų saugumo agentūra (EMSA) ir Europos žuvininkystės kontrolės agentūra (EŽKA).