Valdančioji taryba tvirtina biudžetą ir tikrina jo vykdymą, skiria vykdomąjį direktorių bei vykdomojo direktoriaus pavaduotojus ir užtikrina agentūros sprendimų priėmimo procedūrų skaidrumą. Kaip teisinis agentūros atstovas, vykdomasis direktorius už savo veiklą yra tiesiogiai atskaitingas šiam valdymo organui.
Valdančiąją tarybą, kuri posėdžiauja penkis kartus per metus, sudaro 26 Šengeno erdvei priklausančių ES valstybių narių sienos apsaugos institucijų vadovų atstovai, taip pat du Europos Komisijos nariai. Islandija, Lichtenšteinas, Norvegija ir Šveicarija, kurios nėra ES valstybės narės, bet yra Šengeno asocijuotosios šalys, taip pat siunčia po atstovą į valdančiąją tarybą, tačiau jų balsavimo teisės yra ribotos.
Jungtinės Karalystės ir Airijos Respublikos atstovai taip pat kviečiami dalyvauti valdybos posėdžiuose, tačiau neturi balsavimo teisių dėl savo sprendimo (iki Frontex įsteigimo 2004 m.) Šengeno erdvės bendradarbiavimo veikloje dalyvauti tik iš dalies.