A Frontexet, az Európai Határ- és Partvédelmi Ügynökséget az Európai Határ- és Parti Őrségről szóló 2016. szeptember 14-i (EU) 2016/1624 rendelet hozta létre (HL L 251., 2016.9.16., 1. o.). A Frontex székhelye Varsóban (Lengyelország) található.
Míg az Európai Határ- és Partvédelmi Ügynökség felváltja az Európai Unió Tagállamai Külső Határain Való Operatív Együttműködési Igazgatásért Felelős Európai Ügynökséget, annak jogi személyisége változatlan marad, a nevével egyetemben: Frontex.
A Frontex állandó kapcsolatban áll a tagállamokkal és az uniós intézményekkel. Az ügynökség minden erőfeszítést megtesz annak érdekében, hogy tevékenységei átláthatók legyenek, és e célból az ügyvezető igazgató rendszeresen részt vesz és tájékoztatást nyújt az Európai Parlament és az EU Tanácsának a belügyekért és a migrációért felelős minisztereinek ülésein zajló meghallgatásokon. lly módon a Frontex teljesíti elszámoltathatósági kötelezettségét az Európai Parlament és a Tanács mint költségvetési hatóságok felé.
Mindenekelőtt a Frontexet egy igazgatótanács felügyeli, amely az egyes tagállamok egy-egy képviselőjéből és a Bizottság két képviselőjéből áll (további információkért lásd az alábbi szakaszt). Mint minden uniós szervet, a Frontexet a Számvevőszék vagy az Európai Csalás Elleni Hivatal (OLAF) is ellenőrizheti.