Az igazgatótanács elfogadja a költségvetést és ellenőrzi annak végrehajtását, kijelöli az ügyvezető igazgatót és a helyettes ügyvezető igazgatót, valamint biztosítja az ügynökség döntéshozatali eljárásainak átláthatóságát. Az ügynökség jogi képviselőjeként az ügyvezető igazgató tevékenységeivel közvetlenül ennek az irányító szervnek tartozik elszámolással.
Az évente öt alkalommal összeülő igazgatótanács a schengeni térségről szóló rendelkezések hatálya alá tartozó 26 uniós tagállam határőrizeti hatóságainak képviselőiből, valamint az Európai Bizottság két tagjából áll. Izland, Liechtenstein, Norvégia és Svájc – amelyek nem uniós tagállamok, de schengeni társult országok – is küldenek egy-egy képviselőt az igazgatótanácsba, de korlátozott szavazati jogokkal rendelkeznek.
Az Egyesült Királyság és az Ír Köztársaság képviselőit is felkérik, hogy vegyenek részt az igazgatótanács ülésein, de nem rendelkeznek szavazati jogokkal a döntésük miatt (a Frontex 2004-es létrehozása előtt), miszerint csak részben vesznek részt a schengeni együttműködésben.