Най-видими сред дейностите на Агенцията са съвместните операции. Frontex изпраща стотици гранични служители, отговарящи за бреговата охрана, както и плавателни съдове, автомобили и друго оборудване за подпомагане на държавите членки, изправени пред предизвикателства по външните граници на ЕС. Тези операции се провеждат по морските и сухопътните граници на Европа, както и на международните летища. Понастоящем Frontex разчита за своите операции главно на държавите — членки на ЕС, и асоциираните към Шенген държави да предоставят специализирани служители и оборудване, но агенцията е в процес на наемане и закупуване на собствено оборудване. Frontex също може да разчита на група от най-малко 1 500 служители, които могат да бъдат разположени на място в рамките на пет дни, за да се справят с извънредни ситуации по границите на Европа.
Макар че операциите на агенцията по море в Средиземноморието оказват подкрепа на Италия, Гърция и Испания за облекчаване на миграционния натиск, всички операции на агенцията помагат и за борба с различни форми на трансгранична престъпност. Морските операции включват допълнителни задачи, например следене на замърсяването и незаконния риболов. Те се осъществяват със сътрудничеството на други агенции на ЕС, по-специално Европол, Европейската агенция за морска безопасност (ЕАМБ) и Европейската агенция за контрол на рибарството (EFCA).